mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTTGCATATGTTCTTTATC TGGAGAAGATACGCAAGAAAG TGCTCGATTCTTCAGATAGAAATTCTGGTCATCTTTGTGTTTAGGCTTTTTCTTGCATATGTTCTTTATCTCTATTGATTGATATTGTTCAATGAGCAACATACTTTTCTCTTCTACCTGGATTTGTTTGATGGTTTTAAGAACTCTGTTCTTTTTGACGTTTTACCCAACAATATAACTTCTGTTGTAGTCATCTTCTGCTGCAACCCATCCACAAAGCTTATCATGCAAGATTAAACCCTTTCTCGATGGGTTGCAAGAGAACATCACTAAAATAGAAGTAACATTGTTGGGGAAAAACGTCACAAATCCAGGTATTAGAGAATAGGATGCTGATCGTTGAAAATAACTATCTATAAAGATGGAGAAGATACGCAAGAAAGAGTTGTAAACACAAAGC 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 ath-MIR835 0 -157.9 ...........(((((.......)))))....((((((((((((((((((((((((.(((.((((((((((.(((.(((.(.((((.((((((((.((.(((.((.((((((..((((((((((((............((((((...))))))..(((((((((.(((((((((.(.(((((((((.((((.((.((((..(((((((((((...((((...(((......)))......))))...)))))))))))..)))).)).)))).))))))))).).)))))))))..)))))))))))))))))))))..)))))).)).))).)).)))))))))))).).))).))).)))))))))).))).))))))))))))).))))))))))). (-157.90)