mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTCTACTCCCTCCGTCCA GACGGAGGGAGTGGTAATTAC GACCCCATGGATATGTCTACTCCCTCCGTCCAAAAAGTGAATCTAGCTCTGTATGTGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTCTACATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGGTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTGGTAATTACTGGCAAAA TCTCGCTCTTGGGAAAAGTACACGCTATACGCGACGACCCCATGGATATGTCTACTCCCTCCGTCCAAAAAGTGAATCTAGCTCTGTATGTGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTCTACATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGGTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTGGTAATTACTGGCAAAATCATCATCATCTTCTGGTTAATCTTGACCCCTAACAGTTGATCT 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-22 osa-MIR814c 0.000009 -73.8 ....(((..(((....(((((((((((((((.......(((((..((((...((((((((((((.((((((.((((((.((((((......)))))).)))))).)))))).)))))))))))).))))...)))))......)))))))))))))))..)))..)))..... (-73.8)