mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACCAACCTTTCATCGTTCCC GAACGCATGAGAGGTTGGTAAA CTCACTCATGTGAGCAGAAAGAGTAGCATGATATTTTCTTCAAGGTCTTTACCAACCTTTCATCGTTCCCTTCTTTGCAATAACGCTGTTTTGCAAAACCGTGATAGTGCTGAGCCGATGAGCCTCTAATGAAATTATAGACTCATCGGCTCAGGACCATTGCGGTTGTGCAAAACGGTGTTATTGCTGAGAAGGGAACGCATGAGAGGTTGGTAAAGACCTCAATGGAATCTTATGGTACTCTTTTTGCTCACATGAGTGAGT 0 1 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR839 3e-65 -182.8 (((((((((((((((((((((((((.(((((...((((....(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((..((.((.(((((((((((((.((.((((...)))).)).))))))))))))).)).))..))))).))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))))))))))))....))))..))))).))))))))))))))))))))))))). (-182.80)