mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACACTGAAGGACCTAAACTAAC TTGTTTAGGTCCCTTAGTTTCT CGTAAAGCAGGTGATTCACCAATTTAGGTTTACATCCACAGTGTGGAAGACACTGAAGGACCTAAACTAACAAAGGTAAACGGCTCAGTGTGCGGGGTATTACACTCGGTTTAATGTCTGAATGCGATAATCCGCACGATGATCTCTTTATCTTTGTTTGTTTAGGTCCCTTAGTTTCTTCTATACCGTGAATCCAATCCTGTATTGGATGAGCTGGTTTATGACC 3 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR840 1e-79 -99.69 ((((((.(((....(((((((((.((((........(((.((((((((((.(((((.((((((((((.((((((((((((.((.(((.(((((((..(((..((.((((........)))).))..)))..))))))).))).)).)))))))))))).)))))))))).))))).)))))))))).)))........)))).))))).))))))).))))))... (-99.69)