mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACGAGCCACTTGAAACTGAA CAATTTCTAGTGGGTCGTATT GCACCAACACTACTATGTGCAGAAACTCTGTTCTTAAGTTGCTTGTGAATACGAGCCACTTGAAACTGAAAGAAACAAAGAAACAATATCAGTATAAAATTTTATCAAATTATACTACAAAAAATGAAATTTCTTTGTTTATTTCAATTTCTAGTGGGTCGTATTCACATGCAACTCAAGACTAGAGTATCTACAACATGGTCGACTTGGTG 3 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 ath-MIR841b 2e-99 -86.2 .((((((..(.(((((((..(((.((((((.((((.((((((.(((((((((((.(((((.((((.(((((.(((((((((((.......(((((((............))))))).((.....))...))))))))))).))))).)))).))))).))))))))))).)))))).)))).)))))).)))...))))))).)..)))))) (-86.20)