mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATGGTCAGATCCGTCATCC ATGATGAATCCGACCATGATG CAGTACCGTTCAGGGTGACAGAAACATTTTCGAAAAGAGAGGCTATAAGCGGGATGATGAATCCGACCATGATGGTGTTGCAGAAATTTATGTATGATGTAGTTATTGTCCAGGGATCGAAACACCATCATGGTCAGATCCGTCATCCCACTTATGTTTTCTTAGGTCAACAAATATGGACAATTGAAAAGTGAAGCTC 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR842 3e-46 -71.1 ..((.((((....(.((((.(((.....))).....((((((.((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((((...((..((..((.(..(((....)))..).))..))))..))))))))))))))).))).))))))))).)))))).))))))..)))).)....)))))).................. (-71.10)