mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTAAGATTGCTTATAAGCT CTTATAAGCCATCTTACTAGT GGAAGGAGATGTTTGCAGTTGGTTTAATGAATCTTTTACATTGAAGAGAAGGAATGGTAAGATTGCTTATAAGCTGGATCTTGAGGGTGAGTGGTCTCTTCTACGCATTGGGCTTATAAGCCATCTTACTAGTTCTTCTTTTCAATGTTGTCTAAGGACGCTGCTTTTATCAGGTGATCATTTGT 1 0 5' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR844 3e-30 -67.6 .......((((...(((((..((((...((.......((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((.(((....((((.(((....)))))))....))).))))))))))).))))))))).))))))))))))))))..))...)))))))))...)))).............. (-67.60)