mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAATTGAAGTGCTTGAATT TTCAAGGACTTCTATTCAGAA CAAACATCTTGAATCCGTTGAGGTTGATCACGATGATGCCACATCCGGTTTCATTCAAGGACTTCTATTCAGAACAAACTTCATGATTTCTGAACTAATTGGATATGATAAATGGTAACAAGTATTCACTTGCATTCAAGGGACAAAAAATCATTGGGATATATGATTATGACAAACACGATTGGAAGCTGAATGGTTGCGGGAGGCAAGCAGTGGGATAATGATCTGCAAGTGGAAACTTCTTACTTTTATCATATCCCATCAGCTCGAAAGTCTTGATGTTAGTTTTGAATTGAAGTGCTTGAATTACACCAGATTTATTGTGCTCGTGTATCCCGGTAAATTCGACTAATGACCAA 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR846 4e-105 -110.6 ....(((.(((((((((..((...(((.((((((((......(((.(((.(.(((((((.(((((.(((((((((.(((.(((.(((((.(((.((.((.((((((((((((.(((((.((((.(((((((((...............((((((........))))))...........(((((....((.(.((.((((.....)))).)).).))....))))).))))))))).)))).))))))))))))))))).)).)).))).))))).))).))).))))))))).))))).))))))).).))).))))))))))).)))....)).)))...))))))...)))..... (-110.60)