mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACTCCTCTTCTTCTTGATG TCTTGATGAAGAGGAATGGGA CATTTTCTTGTATTCAAAGTATCTTAAGTTAAGAAGAGAATAAGATTCTTACATCTTGATGAAGAGGAATGGGAAGCCGAAATCTAAACTGAAACAGAGGCGTCACCCAATTATCAATTGGTAAGTGATATCTATGTTTCGATCTGTATCTCGGCCTTTCACTCCTCTTCTTCTTGATGTAAGAATTTGTTATTCGACACATTAGATGGAGTGAAAAATCTGTTAGATAT 5 0 3' arm Arabidopsis_thaliana mirbase 100 aly-MIR847 4e-33 -73.88 ..((((((((...................))))))))((((((((((((((((((..((.((((((((.((..(.(((((.........(((((((.((..((((((((((.....)))))...)))))..)).))))))).........))))).)..)).)))))))).))..))))))))))))..)))))).....(((.((((((.(....).)))))).))).. (-73.88)