mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTCCGTCCCAAAAG TATGGGACGGAGGGAGTGGTA ACGACGGCCATGGATATGGTCTACTCCCTCCGTCCCAAAAGTNAATCTANCTCTGTATGTGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTGTANATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTGGTAATTACTGGGCAAAATCA AGTGAACTCGGTCGCGGAACAGGAGGCATTGGTTGTCGTAGCTGACCATCTGGTCCTTGTTGTTCCTCCTCTCGGTCTTGGGAGAAGTACACGCTGTACGGGACGACGGCCATGGATATGGTCTACTCCCTCCGTCCCAAAAGTNAATCTANCTCTGTATGTGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTGTANATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTGGTAATTACTGGGCAAAATCATCATCATCTTCTGGTTAATCTTGAGCCCTAACAGTTGATCTACTTAGTGTGATGGCTTGGTTATTATTAGGGATAGGTTTTGTAAAATTTTTGGTGGCAATATAAAGGAGAATTAATGTATGTTTCAAAC 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 5e-23 osa-MIR814c 0.000009 -75.4 ......(((.(((..((...(((((((((((((((((.(((..(((((..(((...((((((((((((.((((((.((((((.((.(((......))).)).)))))).)))))).)))))))))))).))).)..)))).))).)))))))))))))))))..))..))))))....... (-75.4)