mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCAAAAAGT TTTTATGGGACGGAGGGANTGGT TGGATATGTTCTACTCCCTCCGTCCAAAAAGTGAATGTAGCTCTGTATGGGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTCTAGATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGANTGGTAATTACTG TCCTTGTTCTTCCTCCTGTCGCTGTTGGGAGAAGTACACGCTTACGGCACGACGCCATGGATATGTTCTACTCCCTCCGTCCAAAAAGTGAATGTAGCTCTGTATGGGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTCTAGATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGANTGGTAATTACTGGCAAAATCATCATCATCTTCTGGTTAATCTTGAGCCCTAACAGTTGATCTACTTAGTGTGATGGCTTGGTTATTATTAGGGATAGGTTTTGTAAAATTTTTGGTGGCAATATAAAGGAGAATTAATGTATGTTTCAAAC 3 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-23 osa-MIR814b 0.0005 -68.6 .((..((...(((.(((((((((((.(((((....((..((((...(((.((((((((.((((((.(((((((((((((......))))))))))))).)))))).)))))))).))).))))..))..)))))...))))))))))).)))..))..)). (-68.6)