mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCAAAAAGT TTTATGGACGGAGNGGAGTGGT TGGATATGGTCTACTCCCTCCGTCCAAAAAGTGAATCTAGCTCTGTATGTGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTCTAGATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGTTGGTTTTTTATGGACGGAGNGGAGTGGTAATTACTG ACGCCGTCGCGGAACACGAGGCATTCGGTGTCCTAGCTGACCATCTCTCCTTCTTCTTCCTCCTCTCGCTCTTGGGAGAAGTACACGCTGTACGCGACGACGCCATGGATATGGTCTACTCCCTCCGTCCAAAAAGTGAATCTAGCTCTGTATGTGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTCTAGATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGTTGGTTTTTTATGGACGGAGNGGAGTGGTAATTACTGGCAAAATCATCATCATCTTCTGGTTAATCTTGAGCCCTAACAGTTGATCTACTTAGTGTGATGGCTTGGTTATTATTAGGGATAGGTTTTGTAAAATTTTTGGTGGCAATATAAAGGAGAATTAATGTATGTTTCAAAC 3 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-20 osa-MIR814c 0.000008 -75.5 .((..((...((((((((((((((((.(((..(((((..((((...((((((((((((.((((((.(((((((((((((......))))))))))))).)))))).)))))))))))).))))...)))))))).))))))))).)))))))..))..)). (-75.5)