mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGATGTGTTACATCTAGTAT ACGGGATGTGACACATTATAG AAAAACGAATCTAGGACGGGATGTGACACATTATAGTACAATGAATCTGGACAAAGGTATGTCCAGATTCGTAATACTAGGATGTGTTACATCTAGTATTAGGTTGATTTC ATGCATCTATGTTTAGTTACTCTCTGATTCTATGTTGCAGCTATCAAAGGGTAGGAAGCTTGGCAAACAGGATATTGCAAAACTGAAAGAGCAGTACAATCCGTCCATTCTTCGTAAGGAAGGATACTTCCGGCACTATGAGGAGAGTCTTGAGTGGTACTTCGATCTTGAATGGTGCAAGTACTCTGGTTTTCAAGACTATCAGCGGCTAGTGCTTCATGATAATGTAGGTATCAACACTTGACTCCTCCATGCCAGCTAGTTTACTCCCTCCGTCCCGAAAAAAACGAATCTAGGACGGGATGTGACACATTATAGTACAATGAATCTGGACAAAGGTATGTCCAGATTCGTAATACTAGGATGTGTTACATCTAGTATTAGGTTGATTTCTA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-37 osa-MIR818a 0.00000002 -48.5 .......(((((((.((.((((((((((((((.(((((..(((((((((((((......)))))))))))))..))))).)))))))))))))).)).)))))))...... (-48.5)