mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGGAGTATG TACTCACTCTGTTCCAAAATA CTTGCTTAACATATACTCACTCTGTTCCAAAATAAACCAACATTGTACGGATGTGCCACATCCTAATACATCTTGGACACAAGTACTAGTATGTGTCACATCGGGTTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATGTAACATATAT CTTCAGTGCATCGAACGTGCCTTTTGGCTTCATGTTCAGAAAGTCCCAAGCAAGGTGGGAGCTAACGGATACAGATTAGCGAGAGGGAAGCCCGCATTAGTCTTGCTTAACATATACTCACTCTGTTCCAAAATAAACCAACATTGTACGGATGTGCCACATCCTAATACATCTTGGACACAAGTACTAGTATGTGTCACATCGGGTTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATGTAACATATATGATGCTTGTAAAATTGTGCTTTTAGTGGTTTATAATCAGAACTTGTGCGTTGCCGCCATCCATAAACGTTGGGCAGTGGAAATGTAACCGAGTAGAGAACTCCATAGTTCGATAAAAACCTTTTATAGCTGTAATAGGAAAAGGAAAATTAAAAAAAAAAGCTCAAAAAAGGTTGAC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-63 osa-MIR1862d 0.000002 -49.3 ..........((((((((.(((((((((((((((((((.((...))...((((((.(((((.(((.(((...(((....)))))).))).))))).)))))).))))))))))))))))))).))))))))......... (-49.3)