mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAGTTGTTCTTGGCTACA CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCGGCCTGACATTGGGATCGGAGGCCATGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGATCGATCGATCTATCTATGAAGCTAAGCTAGCTGGCCATGGATCCATCCATCAATTGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCTTGGCCCCTGCTCCTCATGTAAGGCCGG GGTCCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGATTCTTCTCCTTCTCCTTCTTCTTCTTCCTCCTCTCATTATTCGCTGTGCCAGCTATGGTTAATTGCCNAAGATGAAATTAAGCAGCTAGCCGGGAATCGCCGGCGGCCTGACATTGGGATCGGAGGCCATGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGATCGATCGATCTATCTATGAAGCTAAGCTAGCTGGCCATGGATCCATCCATCAATTGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCTTGGCCCCTGCTCCTCATGTAAGGCCGGCCTGTGGCGACGACGATCGAAGGCGAGCGCTTCAGCTTTGTTAATTAGCTCTTGTTCTTGGCCAAATCCACGCAATATTTGCAAGCCTAATCGCAGNCGTGAAGTTAATTTGATGATCAGTTAGCTTAATTAGTTATAATGTTGCTGCCATTGCATGCGTATTTCAGATCGAGCGTACTGTATCATGTTAATTAGTAATCATGTTCTTCTATAATTTAACTTCAATTTGATAAGTACTACCTCCTCCANCCAAAAGTCTAATCTATTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_2 8e-62 osa-MIR169a 1e-87 -85.5 ..((((((.((((.((((.(((.(((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((.(((..(((((((.(((((...)))))...)))))))..))).))).))))))))))))))))))))).)))).))))).))).)))).)))).)))))). (-85.5)