mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCAAGTTGTTCTTGGCTACA GAATCGCCGGCGGCCTGACATTGGGATCGGAGGCCATGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGATCGATCGATCTATCTATGAAGCTAAGCTAGCTGGCCATGGATCCATCCATCAATTGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCTTGGCCCCTGCTCCTCATGTAAGGCCGGCCTGTGGC GGTCCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGATTCTTCTCCTTCTCCTTCTTCTTCTTCCTCCTCTCATTATTCGCTGTGCCAGCTATGGTTAATTGCCNAAGATGAAATTAAGCAGCTAGCCGGGAATCGCCGGCGGCCTGACATTGGGATCGGAGGCCATGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGATCGATCGATCTATCTATGAAGCTAAGCTAGCTGGCCATGGATCCATCCATCAATTGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCTTGGCCCCTGCTCCTCATGTAAGGCCGGCCTGTGGCGACGACGATCGAAGGCGAGCGCTTCAGCTTTGTTAATTAGCTCTTGTTCTTGGCCAAATCCACGCAATATTTGCAAGCCTAATCGCAGNCGTGAAGTTAATTTGATGATCAGTTAGCTTAATTAGTTATAATGTTGCTGCCATTGCATGCGTATTTCAGATCGAGCGTACTGTATCATGTTAATTAGTAATCATGTTCTTCTATAATTTAACTTCAATTTGATAAGTACTACCTCCTCCANCCAAAAGTCTAATCTATTCTAGAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_2 8e-62 osa-MIR169a 1e-94 -91 ...((((.((((((((.((((.((((.(((.(((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((.(((..(((((((.(((((...)))))...)))))))..))).))).))))))))))))))))))))).)))).))))).))).)))).)))).))))).))).)))). (-91)