mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTA GGCAGTCTCCTTGGCTATC GTTTCAGGCAGTCTCCTTGGCTATCTTGACATGCTTTTTTCTTCCATGTTATACCTTCTTTCTTTGTATTTTTCGAATCCAAATAATATTTTTTTCTATAAATTTACTACGAAAATCCTTTAAACAATCTCTAACAAAGTATGTTATTAGAAAACTACCACTTTTTGCATTTATTACAAATGCATGTACGTGGTGAGTGTATGCATTCTTTAGAAGGAAATGTCAAAGGTGAATAGAAGAATCATATTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTATTTCT 1 2 3' arm Brassica_napus mirbase MIR169_5 0.000000000000005 aly-MIR169m 2e-26 -73.3 .....((((((((((((((((((((..((.(((.....((((((..((((.((((((.....((((.((((...)))).))))..(((((((((((((.......((((((................(((.(((((.....)))))..)))..............(((((((.....)))))))....))))))(((((....)))))..)))))))))))))..)))))))))))))))).))).)).)))))))))))).))).)))))...... (-73.30)