mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAGTTGTTCTTGGCTACA CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCGGCCTGACATTGGGATCGGAGGCCATGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGATCGATCTATCTATGAAGCTAAGCTAGCTGGCCATGGATCCATCCATCAATTGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCTTGGCCCCTGCTCCTCATGTAAGGCCGG TCATCATTCTTCTCCTTCTCCTTCTTCTTCTTCCTCCTCTCATTATTCGCTGTGCCAGCTATGGTTAATTGCCAAAGATGAAATTAAGCAGCTAGCCGGGAATCGCCGGCGGCCTGACATTGGGATCGGAGGCCATGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGATCGATCTATCTATGAAGCTAAGCTAGCTGGCCATGGATCCATCCATCAATTGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCTTGGCCCCTGCTCCTCATGTAAGGCCGGCCTGTGGCGACGACGATCGAAGGCGAGCGCTTCAGCTTTGTTAATTAGCTCTTGTTCTTGGCCAAATCCAACGCAATTTTGCAAGCCTAATCGCAGTGTAAGTTAATTTGATGATCAGTTAGCTTAATTAGTTATAATTTGCTGCCATTCATGCGTATTTCAGATCGAGCGTACTGTATCATGTTAATTAGTAATCATGTTCTTCTATAATTTAAC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_2 1e-51 osa-MIR169a 2e-77 -80.8 ..((((((.((((.((((.(((.(((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((..(((((((.(((((...)))))...)))))))......))).))))))))))))))))))))).)))).))))).))).)))).)))).)))))). (-80.8)