mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCAAGTTGTTCTTGGCTACA GAATCGCCGGCGGCCTGACATTGGGATCGGAGGCCATGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGATCGATCTATCTATGAAGCTAAGCTAGCTGGCCATGGATCCATCCATCAATTGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCTTGGCCCCTGCTCCTCATGTAAGGCCGGCCTGTGGC TCATCATTCTTCTCCTTCTCCTTCTTCTTCTTCCTCCTCTCATTATTCGCTGTGCCAGCTATGGTTAATTGCCAAAGATGAAATTAAGCAGCTAGCCGGGAATCGCCGGCGGCCTGACATTGGGATCGGAGGCCATGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGATCGATCTATCTATGAAGCTAAGCTAGCTGGCCATGGATCCATCCATCAATTGGCAAGTTGTTCTTGGCTACATCTTGGCCCCTGCTCCTCATGTAAGGCCGGCCTGTGGCGACGACGATCGAAGGCGAGCGCTTCAGCTTTGTTAATTAGCTCTTGTTCTTGGCCAAATCCAACGCAATTTTGCAAGCCTAATCGCAGTGTAAGTTAATTTGATGATCAGTTAGCTTAATTAGTTATAATTTGCTGCCATTCATGCGTATTTCAGATCGAGCGTACTGTATCATGTTAATTAGTAATCATGTTCTTCTATAATTTAAC 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_2 1e-51 osa-MIR169a 1e-84 -86.3 ...((((.((((((((.((((.((((.(((.(((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((..(((((((.(((((...)))))...)))))))......))).))))))))))))))))))))).)))).))))).))).)))).)))).))))).))).)))). (-86.3)