mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAGTCTCCTTGGCTAGCCT GATAGCCAAGGATGACTTGCCTG TTATCTCTGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCCTCCCTGAAGGATTAGCAATTTAATGATCCTTTAAGCTGGTTCATGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGAGTG AAATGTCAGTACAGACCATTCAAGCCAAGCTGCTAAGGTAACCAACACTAGATGAAGCAAAAGAGAGAAGCAGCCTTACATGGATGGCAGTAAGGACTTATCTCTGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCCTCCCTGAAGGATTAGCAATTTAATGATCCTTTAAGCTGGTTCATGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGAGTGGTTCTTATTGCTCATGCTAGGCTTAATTGCATCTCTAACATCCTACATTCCTACTGTGGATTTATGCTGAGGGGATTTTGTTCCACATACCTGGATGGCCGGCCTAGCTACATGACATTCTTGAAAGTTAGCCTTGTTTGAGTTTGCATATGTTCATGAAATTTTATTTTAATTTGTGCTAAATGGTTAATCCTCGAATGATTTGTAATAATTATAGGAGGAATAAAAAAAATGAATTAAATATTATTAAATTAAAAGGAGATTTAAAATAGTTTTTCATAAATTCATATATAGATTCTTTTTTAAAAAATAAAAAATCGTGCTG 4 2 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_5 7e-55 osa-MIR169q 4e-56 -43.7 ....(((...((((((((((.((((.(((((((.((....((((((((((.........))))))))))....))..)))))))))))))))))))))....))).. (-43.7)