mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAGCCTAAACCAATCGGAGC TCCGATTGGCTTTAGGCTGTTG CTCAATCTTTTATATGGCTCCGATTGGCTTTAGGCTGTTGTGGCTTTGACTTCTTTCTAAAGTCTTCAAAATTTAGTTTTTCACAATCACGTTAAATTTTTTTAAAAGTCACAGCCACAACAGCCTAAACCAATCGGAGCCATGGTGATG 0 1 3' arm Brassica_napus mirbase 100 100 -67.8 ....(((.....(((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((....(((((..........)))))...............(((((....))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))..))). (-67.80)