mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTATGAGGAGCCATGCATA TATGTGTAGTTGTATAAGATGTGTATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATCCTCTAAGCTCATCGACCATTGATGACCTCCGTGAATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATTTTCATATACATTTACATAC 3 0 5' arm Brassica_rapa mirbase mir-160 3e-20 aly-MIR160a 2e-24 -57.1 ..(((((((.((((((.((...((((((.(((((((..(((((((((.(.(..((.(((((((...))))))).))..).).)))))))))..))))))).))))))..)).)))))).))))))). (-57.10)