mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGT AGAAGAAGGGGGGGGGGGGAAAGTTAATTTCTGGAGATGGAAGAGAGCAAGGCTTGCATGGTGATAAGGGTGTAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCCTTGTGTAGAGGATCATTCAGAAAATGAGCCTTGAACTGGTTCATAGGCAGTCTCCTTGGCTAGTCTGAGTCGCTCTTATCACTCATGTTAGGCTTGCATCTCGTTGATCGATATGTAATTAACTACGTTTTCTTCAGAAGGA GCATATGCACAGAAAAAACACAGAATTAATGCATGAGAAGAAGGGGGGGGGGGGAAAGTTAATTTCTGGAGATGGAAGAGAGCAAGGCTTGCATGGTGATAAGGGTGTAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCCTTGTGTAGAGGATCATTCAGAAAATGAGCCTTGAACTGGTTCATAGGCAGTCTCCTTGGCTAGTCTGAGTCGCTCTTATCACTCATGTTAGGCTTGCATCTCGTTGATCGATATGTAATTAACTACGTTTTCTTCAGAAGGAAAAGTAATTCTTGATGCATTTATCAGTTCTTTGCAAAATCTATACATGCAGAGATACAGTTTGATCATCTTCAGGTTACAGTTACAGGGGAGCACTGCTGCAAAGTTATTCATAACAGTACATATATATATATGCCGTGTGGTATCTTTGCATTATAGGATTGACCTGATCTCACACTTAACTGCATATCATGTTATGTTTGCAACAGGTTCTATTGGTA 0 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_5 5e-67 osa-MIR169i 2e-56 -94.2 ............((((((((.((((((((..((..(((.((.(((((((((.((.(((((((((((((((((..((((.((((((((((((.((((.(((((((.((..((...((((.(((((.....))))).))))..)).))..))))))))))))))))))))).)).)))))))))))))))).))))).)).))))).)))).)).)))..))...))))))))...))))))))....... (-94.2)