mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATCTGCATCCTGAGGTTTA AGTCCTCGGGATGCGGATTACC CAGATGACAAGTATTGGTGAGGACCGGGTAATCTGCATCCTGAGGTTTAAAGCTTGATTATACGCATAACATGCCGACGCATATAACTATGTGTTTTAGAATAGCTTTTAGTCCTCGGGATGCGGATTACCTCTTCCTTACTATACGTACACGGTTACATG 3 0 5' arm Brassica_rapa mirbase 100 bna-MIR2111a 3e-82 -69.46 ((..((((..(((((((((((((..((((((((((((((((((((...((((((.......(((((((..((((....)))).....)))))))........))))))....))))))))))))))))))))..)))))))))...))))...))))..)) (-69.46)