mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGC TTTTTGTACTAAGAGAGCAAGGCTTACATGGAGACAAGGGTTTAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCCTTGTGTGTAAGGATCATTAATTATTATTCAGAAAATGATCCTTTCAGCAGGTTTCATGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGAGTGATTCTTGTCACTTATGCTAGGCTTGCATCTCTCCTTCATCT GGTAGCAAACAGGCACAAGATCAAGCTAAGCTAGCTAGAGTCATCCATGGTCCTGAAGAGTTGCAGAGAGTAGAGATATATCTAAAGCTATATATGTACACTATTTTTGTACTAAGAGAGCAAGGCTTACATGGAGACAAGGGTTTAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCCTTGTGTGTAAGGATCATTAATTATTATTCAGAAAATGATCCTTTCAGCAGGTTTCATGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGAGTGATTCTTGTCACTTATGCTAGGCTTGCATCTCTCCTTCATCTGTATCTATGCCGATCTGTTCTGAAGAATCAATGCATGCTGGTGCGGCTAATTAAGGTACAGGTGATAATTAATCAAATTAATGATATCATATATATGCAGATTATATTATTTAATATGCAGGTCGAGAGATCTTGTGTTGTACTTTGATGCTGCTTCTTTCTACCCATCACATAGGCAGAATTAATCCCTTATATTTAGGAATTAATGGATGTAGTATTTTGGATCCATCATCCATGATGATCCAATGTAAATATGTAATCATATATATGTGTGTATGTGTATGTATCTCTATACGATACATATATAGTTTTCTTTTTTACTTTATTTTGGTCCTGATGAGAGGGGCAACTACTAGCTCATCAAGTGGCGCTTAACTATGTTTATTCATGAAGAGATATGTT 0 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_5 7e-75 osa-MIR169h 9e-65 -76.9 ...........((((((((((.(((((((((.((((((((((..((((.((((((((((((.((((.(((((((..(((((....((((((((((...............))))))))))...)))))...))))))))))))))))))))).)).))))))))))))))..))))).))))))))).)))))......... (-76.9)