mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTTGTCCTTGGCTAC TATGAGTTATGGCTATCAGTGGCCACTCGTGAAATGAGATAGAGAACGGAATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGTACGTGTATGCATGTTTCAAGGTACTATATGTGCCCCCAACTGTTTTAGATCCATGCTGACATTTTCCGGCAAGTTGTCCTTGGCTACGTCTTGTTCTTTTTCTCTCACGTGAGGCCATTGCATGGTTTGCATTTAGCT GATTGCAGAACACAGAAGGCAAAGTCATATGGATGACTGAAATCCTACATAGAAGCGGCAGTCGATGGCATGCATCATCTAGTGGTGCATATCCTAGAGAAGTTCCGAGAGAAGTATAGAGAGACTATTTGGTGCTTGTTATCACCCAATGCTAGGTATGAGTTATGGCTATCAGTGGCCACTCGTGAAATGAGATAGAGAACGGAATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGTACGTGTATGCATGTTTCAAGGTACTATATGTGCCCCCAACTGTTTTAGATCCATGCTGACATTTTCCGGCAAGTTGTCCTTGGCTACGTCTTGTTCTTTTTCTCTCACGTGAGGCCATTGCATGGTTTGCATTTAGCTTCCAGGTCATGCATGTACAGTGATGTATATCAATGTAAACCAGAAATATATTGATGGGATTAAGGATTAGTTTAGTTGTG 0 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_2 2e-69 osa-MIR169b 2e-68 -87.8 .....((...((((((((((((((...(((((...((((.(((((((((.(((.((((((((((((((((((((...((((..(((((..((..(((((.....)))))...((.....)).))..)))))..))))...)))))))))))))))))))).))).))))))))).)))))))))...)))))))).)))))).))........ (-87.8)