mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT GGAGCTCTCTTCAGTCCAGTC AAGAAGGAGCTCTCTTCAGTCCAGTCCAAGGCGGTTGAGGGCTGGGACTTAGCTGCTGACTCGTTGGTTCAAGAGCTCATCATCATCAATGTGTAAGAGATGTCTTTTTGATCCAACGAAGCTGGAGCTGTGTTCAGTTATGGCTGTCATGTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTCCAAT 1 0 3' arm Ricinus_communis mirbase MIR159 1e-97 vvi-MIR319b 3e-24 -86.5 ..((.(((((((((((((((((((..((.(((((((...(((((((...(((((.(.(..(((((((.(((((((..((((.((............))))))..))))))).)))))))..).).)))))..)))))))..))))))).))..))))))))))))))))))).)).... (-86.50)