mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTA GGCAGTCTCCTTGGCTAGC TCCGGTAGGAGGAAGCTAGGAAGAAAGAGGAAGAAGAGGGGCCTTGCATGAGGGCTAGAGCCTGCCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTATTGTGCTCTTCTGAATGATGCAGTGCCATGATCAGTGTGGCCTGGCTGGTTCAGATGAGCCGAGATAGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGAGTGGCTCTTGTCTGTCATGGAAGGCTTCTGCTTCTCATTGATTCAGTGCTGTTCTCAAGTGATC ATCGATCATCCGGTAGGAGGAAGCTAGGAAGAAAGAGGAAGAAGAGGGGCCTTGCATGAGGGCTAGAGCCTGCCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTATTGTGCTCTTCTGAATGATGCAGTGCCATGATCAGTGTGGCCTGGCTGGTTCAGATGAGCCGAGATAGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGAGTGGCTCTTGTCTGTCATGGAAGGCTTCTGCTTCTCATTGATTCAGTGCTGTTCTCAAGTGATCTGTACACCTAATGTGCATGCACACAGGTTAATGGTGATCCTTATATGTGTGATACTGCAATCTTGTGTTGTGTTGGTCATTGTTGCAACTGTTGGCTACTGTTGTATTGTTGTTTGTGTGGGTTACTAGTGTTCATTTTCATTTTTTTCTATTCATTTTGAAACCTTCTTACAAAATTACCAAGTGGCCACAGGCATGTGCTTAGTTATTTGGTACAGCGTCTTGCAGATCGTTATAGGGTATGTTTTATGTGGAAAATTTTTCAAGGTCACACCTTACCCACCATTAATAATTTCTCATGAAATATATTCATAATATTTATAAACCAATATTTTATGAAAGATATACTCCCTCCATTTTTAAATACATGAATATGTTAACTTTTAAACATATGTTTAATCATTTGTTTTATTAAAAAATTACATCAGTATAATTTAGTTTGTTTATATCACAACTTGTTTTATCATTAATGGTACTTTAGCATAAATTATATTTTTACATATTTTAAAAAATAAAAATGGAGGTAGTAGGATATATTTATTATTCGATTTACAGAGGGATCAGTACTCTGGGTTAAAGTTCTCTTCCCTGAT 0 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_5 4e-77 osa-MIR169g 4e-67 -105.8 ........((((((((...(((..((..(((((...(((((((((.(((((((((.((((((...(((.((((((((((((.((((.(((((((..((((.(((((((...((((.((((((.....)))))))).))..))))))).))))...))))))))))))))))))))).)).))).)))))).)))).))))).))))))))).)))))..))..)))...))).)))))........ (-105.8)