mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATTG AATTAAAGGGGATTATGAAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGAATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCAATAAGTGCTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATTTGGGGAGCTTCATTTGCCTTTATAGTATTAACCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCCTTCTCTTCTTTTCT 3 0 3' arm Glycine_max mirbase MIR159 1e-18 pvu-MIR159a 9e-68 -89.98 ....((((((((.......((((((((((((..(((((((..((((....(((((((..(((.(((((.(((((.((((((..((((((..(((((((..............)).)))))..))))))..)))))).))))).))))).)))..)))....))))....))))..)))))))..)))))))))))).......))))))))... (-89.98)