mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCC GAGCTTTCTTCAGTCCACTT TAAGTCCTAAGCGACGGTAAGAGAGCTTTCTTCAGTCCACTTATGGGTGACAATAAGATTTCAATTAGCTGCCGACTCATTCATCCAAATGCTGAGTGAAAGCGAAGAAAGATACTCAGCAAATGAGTGAATGATGCGGGAGACAAATTGATTCTTAAGTTTCCTGTACTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTTCTTTTGAATCTTCT 4 0 3' arm Glycine_max mirbase MIR159 1e-58 gma-MIR319a 4e-76 -82 ...........(((.((.(((.(((((..((((((((((..((((((.(((..(((((..((((((.(((.(((..(((((((..((..(((((((((....(.......).)))))))))..))..)))))))..))).)).).)))))).))))).))).))))))..))))))))))..))))).)))...)).)))........ (-82.00)