mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCAAAAGATTCGTCTCGCAA GCGAGACGAATCTATTAAGCC TAATAACAAAACACACTACACATTTCGCTTATAAACTGCGAGACGAATCTATTAAGCCTAATTAATTCGTCATTATCAAATGTTTACTTGAGCACCACATTGTCAAATCAAGACGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAAACTGTGCAATTGGTTTTTTTCGT GGCCATAGCACTCAGTGGCTCTGGTACTCTGTATATGCAAGCAAACAAGTGACTTGGCGCACACGGATGCTGGTGGTATCCGACTTGACTCGGAGGTTCATATTTGGGAGGGATTCAAACCGAATTTAGCACTGCCAAATCCTGCATCATTTCTTCTACAGATAACATTGCTGAATAATTTTGTTGTCTTTGGCTGTGTTTAGTTCGTGTGCCAAAAAAAAATTTTTGAACTATACCGACACATTTGAAGTATTAAATCTAGACTAATAACAAAACACACTACACATTTCGCTTATAAACTGCGAGACGAATCTATTAAGCCTAATTAATTCGTCATTATCAAATGTTTACTTGAGCACCACATTGTCAAATCAAGACGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAAACTGTGCAATTGGTTTTTTTCGTCC 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 1e-44 -43.4 .......(((((......((((.((.((...((((.((((((((((((((.((.((.(((((((...((((.......(((((.............)))))..........))))))))))).)).)).)))))))))))))).))))...)).)).))))......)))))...... (-43.4)