mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCAAAAGATTCGTCTCGCGG ACGAGACGAATCTTTTAAGCC TATTAAATATAGGTAAATAAAAAAACTAATTGCACAATTAGGCAGGAAATCACGAGACGAATCTTTTAAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCATAAGTGCTACAGTAACCCACATGTGCTAATGACGGATTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCGGTTTCCAGACGAGTTATGAAATTAGTTTTTTTATTCGTGTCCAAAAATT TGGGATGATTAAACATGCTCCTGCATAATTTGGGCCCCGTTTAGTTCCCCAAATTTTTTTTCCAAAAACATCACATCGAATCTTTGAAAATATGCATGAAGTATTAAATATAGGTAAATAAAAAAACTAATTGCACAATTAGGCAGGAAATCACGAGACGAATCTTTTAAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCATAAGTGCTACAGTAACCCACATGTGCTAATGACGGATTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCGGTTTCCAGACGAGTTATGAAATTAGTTTTTTTATTCGTGTCCAAAAATTCTTTCCAATATCCGGTCAAACATCCGATGTGACATCCAAAATTTTTTTTTTTTCGCGAACTAAACAGGCCCTTTGTTGCCAGGTTCAAACTCTCTCGGCTCATTATAAAAAAACGTGAATATTAGGGAAGGACCTAATATCAAATACTCCCTCCATTCCATAATATAAGGCACAACCATTTTTTTAGATGTTTCATAATATAAGGCATGCATGCATGTAGTCAATT 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR442 0.00000000000001 -72.5 ...........((..((((((((((((((((.((.((((.....(((((((.(((((((((((((((.((((((((((((((...((((((.(((.(((...........))).)))))))))...)))))))))))))).))))))))))))))).))))))).....)))).)).)))))))))))))))).....))....... (-72.5)