mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCAAAAGATTCGTCTCGCAA GCGAGACGAATCTATTAAGTC CCGCCTATAAAATGCGAGACGAATCTATTAAGTCTAATTAATCCGTCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCACCACATTGTCAAATCATGGCATAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGTA TTGATTGAAAAATGCAATTATTGCTGTTTCTTGTTGATTTTCTTTGGTGCAGTCACAGGCGAAGCACTTAATGAACTGGAAATTAGCTCTTAAATTGGCCAGGACAAAGAAGCGTGTCAGATGATGCAACTTGAGCTTGTTGATTTATGAAAATTGGCCGTGTTTAGTTTCACGCCCAATTTTTTTTATACGGACACACATTTGAAATATTAAACGTAGTCTAATAATAAAACAAATTACATAATCATCCGCCTATAAAATGCGAGACGAATCTATTAAGTCTAATTAATCCGTCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCACCACATTGTCAAATCATGGCATAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGTAAACTGTGCAATTGTTTTTTTTTTCGTCCACATTTAATGCTCTGTGCATGTGTCCAAATATTTGATG 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 2e-49 -41.3 .......((((.((((((((((((((.((.((((((((((..((((.(((....(((((.............)))))....))).))))..)))))))))).)).)))))))))))))).))))...... (-41.3)