mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCATGTCACATCGGATGTTT ACATCCGATGTGACAGGGAC TAACCCATGTCACATCGGATGTTTGGACGCTAATTTAGAGTATTAAACATGGAGCTAATAAAAAAACTAATTTCATAAATGAGAGGCTAATCCGCCAGACGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCCATAATTATCAAAAGTTTACTGTAGCATCACAGTTGTCAAAATCATGGCGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCGAATTAGTCCAAGCTTATGAAATGGGTTATGTAATTAGTGTATGTTTAATACTCCAAATTAGGGTCCAAACATCCGATGTGACAGGGAC TAATGAGCCTTCTGGTATCGGGTACCTATAAACGGGGGTGTTTAGATGGGGCTAAAACTTTTTAACCCATGTCACATCGGATGTTTGGACGCTAATTTAGAGTATTAAACATGGAGCTAATAAAAAAACTAATTTCATAAATGAGAGGCTAATCCGCCAGACGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCCATAATTATCAAAAGTTTACTGTAGCATCACAGTTGTCAAAATCATGGCGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCGAATTAGTCCAAGCTTATGAAATGGGTTATGTAATTAGTGTATGTTTAATACTCCAAATTAGGGTCCAAACATCCGATGTGACAGGGACTTAGAATAAGTCTCTGGAAACCAAACAGCCCCTAGTCTGTAATCTGGAATGATTGTAAGTACGACTGGTATGTCTTATTTTGAC 0 1 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR445a 1e-70 -114.8 ...(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((..((((((.....((((.(((((((((......(((((((.(((.(((((((((((((.((.(((((((..((((.(((...........(((((......)))))......))).))))..))))))).)).))))))))))))).))).))))))).....))))))))).)))).....)))))).)))))))))))))).))))))).)))))))))))))))))))))))).. (-114.8)