mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTCAAAAGATTCGTCT ACGAATCTATTAAGCCTAATT TAGACTAATAACAAAACAAATTACATATTCCGCCTGTAAACTGCGAGACGAATCTATTAAGCCTAATTAATCCGTCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCATCACATTGTCAAATCATGGCGTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAAACTGTGCAATTGGTTTTTTTTCCGTCCA CTTTAATTATAGTAGCTGGTCATAGACTAATAGACAATCTACGTTTCCACTTTAAAACTTTGGCTGTGTTTACCCGGCAAAAAACTTTGGCTGTGTTTAGTTCACTGTCCAAATTTTTTTTGACGTATACGGGCACACATTTGAAGTATTAAACGTAGACTAATAACAAAACAAATTACATATTCCGCCTGTAAACTGCGAGACGAATCTATTAAGCCTAATTAATCCGTCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCATCACATTGTCAAATCATGGCGTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAAACTGTGCAATTGGTTTTTTTTCCGTCCACATTTAATGTTCTATGCATGTGTCCAAACATTCGATGTGACGTTTTTGGC 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 9e-74 -60.2 ..(((....((.(((((.((((.((((....((.((((((.((((((((((((((.((.((((((((((..((((.(((.(((((((((......)))))....))))..))).))))..)))))))))).)).)))))))))))))).)))))).))....)))).)))).))))).))...))).. (-60.2)