mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCCAAACATCCGATGTGATA TCACATTGGATGTTTGGACGC AAAGTACATGTCACATTGGATGTTTGGACGCTAATTTGAAGTATTAAATATAGACTAATAAAAAAACTAATTTCATAAATGCGAGCTAATCTGCGAGACGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCTATAATTATGAAAAGTTTACTGTAGCATCACATTGTCAAATCATGGCGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCGAATTAGTCCAAGGTTATGGAATGGGTTTTGTAATTAGTGTATGTTTAATACTCTAAATTAGTGTCCAAACATCCGATGTGATAGGGACTT GTGTCCATTTAAACAACTCTGTTCATACTCTACTAAGTCAGCTAATGTAAAGGGAGGCACTATTTTAGGGGGTGTTTATTTTTTAAAGTACATGTCACATTGGATGTTTGGACGCTAATTTGAAGTATTAAATATAGACTAATAAAAAAACTAATTTCATAAATGCGAGCTAATCTGCGAGACGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCTATAATTATGAAAAGTTTACTGTAGCATCACATTGTCAAATCATGGCGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCGAATTAGTCCAAGGTTATGGAATGGGTTTTGTAATTAGTGTATGTTTAATACTCTAAATTAGTGTCCAAACATCCGATGTGATAGGGACTTGGGGAATAAATCCATGTTTCCCAAACAGGCCCTTAGC 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR445a 5e-104 -114.1 .((((...((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.((((((...((((((.(((((((((.((.((.(((((.(((((((((((((((((.((.(((((((..((((.(((.(((.((..................)).)))))).))))..))))))).)).))))))))))))))))).)))))))))...))))))))).))))))...)))))).))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))...)))) (-114.1)