mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTCAAAAGATTCGTCT ATTTTTTTTGAATCTAAAC TCAAATCATGGCGTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAAACTGTGCAATTGGTTTTTTTTTCGTCCACATTTAATGTTTCATGCATGTGTCCAAACATTTAATGTGATGTTTTTGGTCAGATTTTTTTTGAATCTAAACAAAGCCATAATTT AAAAAAATTTAAGCTATACCTCACCTATTTTCACCATGTGTACAGCTTCGCCCCTGACTGTAGTATCACATTGTCAAATCATGGCGTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAAACTGTGCAATTGGTTTTTTTTTCGTCCACATTTAATGTTTCATGCATGTGTCCAAACATTTAATGTGATGTTTTTGGTCAGATTTTTTTTGAATCTAAACAAAGCCATAATTTATCGATAATCGTATGGATAGCCTCTTTGTTTTTGCAATTGGCGGGCTCCTTATGCGTAAAGCTGAAGCTATGCTAAATCTGACCAGGGTAGCAAATGAAAGGGTTTGCATACGTTGGTTTAAACC 2 2 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 6e-22 -35.9 ..((((.(((((....(((((.((((((((...((((.((.....(((((((.....))))..(((........)))..((((((.((((((((((....)))...))))))).)))))).))).....)).)))).)))))))).))))).....))))).)))) (-35.9)