mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTCAAAAGATTCGTCT ACAGATTTATTAAGCCTAATT CGCTTTTAAACTGTGAGACAGATTTATTAAGCCTAATTAATCCATCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCATCACATTGTTAAATCATGACGTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGC GCAAGGTGGCAGCTCGATGTCCATGGTGGTCCGGTTGTTGGGCTGCACCATCTTTCAGCCCTCAAGTCTATCGCTCTTGTATTCAACTGTAATGGTGCCGTTGCTGCCGAGGTGGAGTCTTCGGAGGATGACGCCAGGGCTGCAGCGGTTTCCCACCCCAACTGTCCCACTCTCGACATTCAAAGGTACAATGAACGCCGTATGAAAACAAGCCAGACGAATAGCAAACGTAGACTAATAACAAAACAAATTATAGATTCCGCTTTTAAACTGTGAGACAGATTTATTAAGCCTAATTAATCCATCATTAGCAAATGTTTACTGTAGCATCACATTGTTAAATCATGACGTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAAACTGTGCAATTGGTTTTTTTTCCCACATTTAATGCCCCATGCATATGTCCAT 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 4e-41 -35.1 .((...((((.((((((((.(((((.((.((((((((((...(((..((((((((((((......)))))....)))))))...)))...)))))))))).)).))))).)))))))).))))...)) (-35.1)