mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTCAAAAGATTCGTCTCGTG CGAGATGAAATTATTAAGCAT GATACGAATGAAAAACTAATTTCATAACTCGCCTGAAAACCACGAGATGAAATTATTAAGCATAATTAATCCATCATTAGTACATATGGGTTACTGTAACACTTATGGCTAATCATGGACTAGTTAGGTTCAAAAGATTCGTCTCGTGATTTTCATACAAACTGTGCAATTAATTTTTTATTTTATT CCTTTTTTGACTGAATATTGGAAGGAGTTTTCGGATACGAATGAAAAACTAATTTCATAACTCGCCTGAAAACCACGAGATGAAATTATTAAGCATAATTAATCCATCATTAGTACATATGGGTTACTGTAACACTTATGGCTAATCATGGACTAGTTAGGTTCAAAAGATTCGTCTCGTGATTTTCATACAAACTGTGCAATTAATTTTTTATTTTATTTATATTTAATATTTTATATATATATATCCAAAGATTGGAGGTGACGTTTTTGGAAAAAAAATAATTTAGGAACTAATCAAGGCCGAAGTCGCGGCTTTGCTACTAGCTAAATTCCATTTCATTTGTACTCCTATAGTTGTATGTATCTAGTGGGCACGAGCACGAGGGGCGCCTTCCTGTGGAGCACGAGGCCGCCGGACTCCTCCATGCTCAGCTCCTCCGGCGCCATCCCCACCGGCAGCGCCCAGTCGAAGCAGTGCAGCAGGTTGGCCAGCGTGAACTCCACGTTGGCGGCGCCCATGGCGATGCCGGGGCAGATCCGCCGCCCCGACCCGAACGGCAGGAGCTCGAAGTGCCCGCCGTTGAACTCCACCCGCTTCGCCTCGAACCTGTCCGGGTCGAACACCTCCGCCTCCTCCCACCTCGCCGCGTCCCTCCCGATCGCCCACGCGTTCACCATCACCCGCGTCCTCGCCGCCACCTCGTACCCGCCGATCCTCACGTCGCGCATCGTCTCCCGCGGCATCAGCAGCGTCGCCGGCGGGTGCAGCCGCAGCGTCTCCTTCACCACCATC 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 0.000000002 -52.8 .....((((((((((.(((((.((((.......((((((.(((((((((((.((.((.(((.((((((.(((((.((((((.((((...((((...))))...)))))))))).))))).)))))).))).)).)).))))))))))).)))))).......)))).))))).)))))))))).... (-52.8)