mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCGAGACGAATTTTTTGAGT ACAAAAGATTCGTCTCGCGAT GGACACGAATGAAGAAACTAATTTTATAACTCGCCTGGAAACCGCGAGACGAATTTTTTGAGTCTAATTAATCCGCCATTAGCACATGTGGATTACTGTAGCACTTATGGCTAATCATGGACTAATTAGACACAAAAGATTCGTCTCGCGATTTCCTCTCTAACTGTGCAATTAGTTTTTCTTTTAATCTA CCCTGTTTAGTTCGCGAAAAGAAAANTTTTGGGTATTACATCGGATGTTTGACCGGATGTCGGAAGGGGTTTTCGGACACGAATGAAGAAACTAATTTTATAACTCGCCTGGAAACCGCGAGACGAATTTTTTGAGTCTAATTAATCCGCCATTAGCACATGTGGATTACTGTAGCACTTATGGCTAATCATGGACTAATTAGACACAAAAGATTCGTCTCGCGATTTCCTCTCTAACTGTGCAATTAGTTTTTCTTTTAATCTACATTTAATGTTCCATGCATGTGTTTAAAGATTCGATGTGATGTTTTTGAGAAAAACTTTTTGGGAACTAAACGTGGAGGTTTTCCTATGGAAGTACAAATTTAACCT 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR445h 0.000000003 -65.6 ......((.((((((((((((((.((((........(((((.((((((((((((((((((.(((((((((.((((..((((((....(((...........))).....))))))..)))).))))))))).)))))))))))))))))).)))))........)))).))))))))))...)))).)).. (-65.6)