mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTCAAAAGATTCGTCT ACGAATCTTTGAGCCTAATT AAAAAACCAATTGCACAGTTCGCATGTAAATCGCGAGACGAATCTTTGAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCATAAGTGCTACAGTAACCCACATGTGCTAATGACAGATTAATTAGGCTCAAAAGATTCCACATGTGCTAATGACAGATTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCACGGTTTCCAGGTGAGTTATGAAATTAGTTTTT GCACGAGGTTTTTCCCTAAAAATATCACATCGAATCTTTAATACATGCATGAAACATTAAATATAAATAAAATAAAAAACCAATTGCACAGTTCGCATGTAAATCGCGAGACGAATCTTTGAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCATAAGTGCTACAGTAACCCACATGTGCTAATGACAGATTAATTAGGCTCAAAAGATTCCACATGTGCTAATGACAGATTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCACGGTTTCCAGGTGAGTTATGAAATTAGTTTTTTCATTCGTGTCCAAAAACCCCTTTCCGACATCCGATCAAACATCCGATGTGATATTTAAAAATTTTGATTTCACCAACTAAACAGGGCCTATGTTGACATATTCTAGGATGATGAATCTGGACATATGTATGTCCAGATTCGTAGCTCCCCATCGGATGGCCTAATCAGCTAAAGAAAAAGGTAAATTTTAAATTTTCAAACTTAATTTTTAGATTGATTTTGAGATATTTTCAACGTATTTTCTTTTTCAGCATTGGTTTTAAGTCACCAAGAACACATATATAAAAGTTTTATCTATAAATTAATTTTTATTCCCTAATAAGCCGTTTTGGCTTATC 0 1 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 5e-17 -61.8 .((((((.((((.((.(((((((.((.((((((.(((((((((((((((((((((((((((....((((((....................((((((((((((.........))))).............)))))))))))))....)))))))))))))).))))))))))))).)))))).)).))))))).)).)))).)))))) (-61.8)