mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTCGTCTCTGGCTACG ATATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCGAGCCTCTTTCGATACTTTTATGACATAATTAATCATGTGGATAGCCAAGGTACTAAACTCACTTTGCACTAAAACAAATATTTTTGCTTTAGTGCAAACTTAGTTTAGGCGCTTCGCAACGGCTAGTCAAATGTCCTAGTTCCAATGTGATTGGTTGTCCGGCAAGTCGTCTCTGGCTACGTA 3 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase MIR169_2 1e-116 gma-MIR169a 0.0000002 -83.4 .((((.(((((..(((((((((((((((((.....)))).............(((((((((((((((((..((.(((((.(((((((.(.(((((((((((.((((....)))).))))))))))).).))))))))).))).))....(((((.........)))))))).)))))))))))))))))))))))))))..))))).)))) (-83.40)