mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGCCAGGATGACTTGCCGG GGCGAGGAATCTAGGCTCATA AGAGGTAGAGAGAGTATATTTGAGCCAGGATGACTTGCCGGCATTTGCTGTAAATGTAGAAGAATCCCTTCTCACAATTAAGGTGTTGTTGGCGAGGAATCTAGGCTCATATTTGCTCTCTTTCCACTCA 3 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase MIR169_2 4e-57 mtr-MIR169p 0.0000000004 -61.7 .((((.((((((((((.((.((((((.((((..((((((((((..((((.(((.((((((((.....))))).))).))).)))).))))))))))..)))).)))))).)).)))))))))).).))). (-61.70)