mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGGATTAGCGATTACAGGGAC CCCTGTATTCGCTAATCATTGC AATTAGGGGTCGTTTAAAAATTGGTCCCTGTATTCGCTAATCATTGCAAACTAACCTTGCAATCATTAATCATTTAAAATTTCATCATTTGACCAACTTAATCACCGCCACGTCACTTATTTGATGACGTCGCAATCACTGCCACACATGAAATTCCAATTTTGCCCTTAAGAAGAGGACAAAATATTGAAGAAAGAATTGGAACCCAGGGGTAAAATTGGAATTTTATGTGGCGTGGCAGTGATTAAGTGGGGAGAGAGACGAAATTTTAAATGATTAAACAATGCAAGGGTAAATTACCAGGATTAGCGATTACAGGGACCAATTTTTAAACGACCCCTAATTG 4 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2585c 5e-129 -170.75 ((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((............(((((((....((((((((((((((((((.((.(((..((.((((((((((.((((((((((............((.(((.....))).))..((((((((((((((((((((((.....(.((.(((....((.....))...)))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))).))..))).)).))))))))))))))))))....)))))))............))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))). (-170.75)