mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGGATTAGCGATTACAGGGAC CCCTGGTATTCGCTAATCCTGGC TGGGGGTGGTTTAAAAATTGGTCCCTGGTATTCGCTAATCCTGGCAAACTAGCCTTGCAATCATTAATCATTTAAAATTTAGTCCTTTGACCAACTTAATCACTGCCACGTCACTAATTTGATGATGTGGCAATCACTGCCAAACATGAAATTCCAATTTTGCCCTTAAGAAGAGGACAAAATATTGAAAAAGGATTGGAAATCCTGGGGTAAAATTGGAATTTCATGTGGCGTGGCAATGATTAAGTGGGGAGATGGACGAAATTTTAAATGATTAAACAATGCAGGGGTAAATTGCCAGGATTAGCGATTACAGGGACCAATTTTTAAACGACCCCT 1 1 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2585a 5e-129 -186.5 .((((((.(((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((..((.(((((((....(((((((((((((((((.((((.((..((.(((((((((.(((((((((...............(((((.....))))).((((((((((((((((((((((............(((....)))....(((((.....))))).))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))).))..)).)))).)))))))))))))))))....))))))).))..)))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))))) (-186.50)