mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAGGAGTGTCCGTGCTTCAT GAAGCACGGATACGGACACGGA ATGACAACCTATGAAGCACGGATACGGACACGGACACCGGACACGACACAGACACGCCGACACAACTAATAATTTGAAAATATCACATTATCTGGTGTAATTACAAGTGTCGGTGTCATGTCGGTATCGGACACGACACGTGTCCGACACTGGGACACGCCTAATCCGAGGAGTGTCCGTGCTTCATAGATGACAA 3 1 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 gma-MIR4403 0.00004 -82.2 ........(((((((((((((((((...(.((((.((((.(((.(((((.(((((....((((.....(((((.(((.....))).)))))...))))........))))).))))).))))))).(((((((((...)))))))))...((((.....)))).)))).)..)))))))))))))))))....... (-82.20)