mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAACTTCTACGGTACACCTGC GGGTGTACCATAGAATTTTCCT AAGGGAACTTCTACGGTACACCTGCAAATTAAGGTGTATCGGTACTCTTACTTCAAAAATTTATAAATTAACTATCATTTTTATGAAATAAAAAGCTATTTGTTGATATCTATATTTTAGAAAATATCATTTCATAAGAAAAAAAGCATCATTTCATTGTTTATAAAAATCATACTAATTTTTTTAGATTTATTGTAAAAAATAATCAAAATTCTCTATTACGAGTACTAAAAATTCAGAAAAATCAAATTTTATTTCGTCGATGTTTTTGATAAATAAGATTTAATTATTATAATTATAGGTGATAGAAAACAATTTTTCTCTTTAAAAAATAACACATTTAACTACTAATTTAATGATTTAGTGTACCAATACACTCATATCTTTGGGTGTACCATAGAATTTTCCTA 4 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2631 0.00000009 -83.37 .((((((.(((((.(((((((((.........(((((((.(((((.(..............................((((((((((((....(((.....)))....((((.....)))).......))))))))))))...(((((.........)))))....(((((((.......(((((((..(((((......)))))........(((......)))..)))))))...((((((((.(((((((((((.(((((.....))))))))))))))))..(((((((........)))))))......)))))))).................................))))))).).))))).))))))).........))))))))).))))).)))))). (-83.37)