mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAATGCTTGAGTCCTGTTGTT CAACAGGACTCAAGCATTTCG AGGTAATTCAAACTTGTCAAACAACAGGACTCAAGCATTTCGCAAGCGCCTCATGTTTCTCCTTTGAAAATATTAAATTTTTGTTATGCTGGTTTAGATGAAGGTATTAAGTGTCAAGGATTGAACCTCAATTCGGTGGCACTTGAGTACCATCATCTAAAGCAAGCCTCACAAAAATTTATTATTTTCAAAGGGAAAACATGAGGTGTTTGGCGAAATGCTTGAGTCCTGTTGTTTTGCAGGTTTGAATTTATC 0 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2592e 5e-144 -153.4 .((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((.(((((((((((...((((.(((((((((.((((((((((((((.((((((.....))))))..)))))))))).)))).))))))))).).)))...))))))))))).))))))))))))..))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))).))))))))))).))))) (-153.40)