mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACATTTTCTTCTTTATGTCT ATATAGAGATGAGAATGTTAC AGTTTTTGCAATTATAAAAGAGATATAGAGATGAGAATGTTACAAGTCTGCAGTTCTAATTTTATAGCTAGTCTTGTCCATAACAGACTTACAGATTTGTTACATTTTCTTCTTTATGTCTCTTTTAAAAATTGCAGGCG 2 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 100 -52.6 ....(((((((((.(((((((((((((((((.((((((((.(((((((((.((((.((....)).)))).((((.((.....))))))...))))))))).)))))))).)))))))))))))))))..))))))))).. (-52.60)