mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGATCGCATTTTAAAAGGC ATTTTAAAATTGTTCACGTT CGTTTAAAACCTCTTGTCCGTATTTTAAAATTGTTCACGTTCCCTTTTTTTCGTTGTTTTTACCATTTAAAGTTCGTGTTTTTTTTGTCTTTAGTCATTCAAAAAAGTTTTTTTTACGTTAAATCAACGTTCGCGTTTCACGACGTTTAAAAACGTCTCACTTTCATTTTTACGACGCATAGTTTTTTTTATCGTAACGATCACGTCAAAAAAGAGAAGGCCTGATCGCATTTTAAAAGGCGTTTTTTTTATTAATCA 4 1 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2615b 2e-53 -40.2 ..................(((.(((((((((((.((((.(((.(((((((.(((.(((.((((.((..((((..((((((.((((((............)))))).((((((...(((((.....((((....))))....)))))..))))))...................)))))...)..))))..)).)))).))).)))..))))))).))).)..))).)).))))))))).)))................ (-40.20)